Główne kierunki badań naukowych prowadzonych w jednostce obejmują:
- Ocena zmiany poziomu ekspresji wybranych genów uczestniczących w kancerogenezie oraz regulujących ich miRNA w powiązaniu z czynnikami zakaźnymi u pacjentów z rakiem żołądka.
- Oznaczanie wrażliwości wybranych grup izolatów klinicznych drobnoustrojów na substancje przeciwdrobnoustrojowe.
- Poszukiwanie potencjału synergistycznego między substancjami przeciwdrobnoustrojowymi oraz pośród innych substancji.
- Epidemiologia biegunek infekcyjnych Clostridioides difficile (ocena wrażliwości na najczęściej stosowane terapie).
- Zakażenia Bartonella spp. a objawy reumatologiczne – poszukiwanie powiązań.
- Optymalizacja metod laboratoryjnych wykorzystywanych w rutynowej klinicznej diagnostyce mikrobiologicznej.
- Zmiany ilościowe i jakościowe kariogennych bakterii w jamie ustnej u pacjentów bezpośrednio po leczeniu onkologicznym.
- Analiza funkcjonalnych mieszanek probiotycznych.
- Mikrobiom płuc – wybrane drobnoustroje i ich znaczenie w rozwoju niedrobnokomórkowego raka płuca.
- Urobiota – określenie kompozycji fizjologicznej mikrobioty dróg moczowych w zdrowej polskiej populacji.